En el planeta Eternia, en el centro del universo, las fuerzas de Skeletor (Frank Langella) han conseguido hacerse con el control del Castillo de Grayskull, y después de derrotar a la mayor parte de los ejércitos de Eternia, la captura de la Hechicera de Grayskull. Skeletor tiene la intención de explotar los poderes ocultos Grayskull, cuando el “Ojo de la Gran Galaxia”, un portal en la sala del trono del castillo, se abra y la luna de Eternia esté correctamente alineada con él.
Las restantes fuerzas de Eternia están dispersas y son superados en número. Una de las patrullas de Skeletor es atacada por el guerrero más grande Eternia y archienemigo de Skeletor, He-Man, un soldado veterano Man-At-Arms y su hija Teela. Durante la batalla, He-Man rescata a un inventor y cerrajero Thenorian nombre Gwildor, que revela a sus rescatadores su nueva invención: una “Llave cósmica”, que puede abrir un portal a cualquier ubicación en tiempo y espacio.
Skeletor robó la llave de él y lo utilizó para entrar en el Castillo de Grayskull, pero Gwildor mantuvo el prototipo. Gwildor lleva a los otros en un pasadizo secreto hacia el castillo.
En Grayskull, el grupo está rodeado de Skeletor y sus tropas. Gwildor usa su llave para abrir una puerta de acceso aleatorio a través del cual el grupo escapa a la Tierra, pero al llegar allí, la llave se pierde y el grupo se divide para encontrarla. Cerca de allí, un par de adolescentes llamada Julie y Kevin descubren la llave en un cráter y comienzan a pulsar los botones.
En Grayskull, el segundo al mando de Skeletor, Evil-Lyn, sigue las pistas de la llave en la Tierra y prepara un pequeño equipo de mercenarios para recuperarla. Se componen de Saurod, Blade, Beast Man. Karg es nombrado su líder.
Kevin y Julie están pasando la noche en su escuela secundaria, porque Julie se está alejando de la noche tras la muerte de su madre y su padre en un accidente de avión, y quiere decir adiós a Kevin y el resto de sus amigos. Sin embargo, Kevin esta intrigado acerca de la llave, y pensando que es un sintetizador de Japón, se la lleva a una tienda de música para obtener una segunda opinión, dejando a Julia sola.
Un portal se abre, con los mercenarios para irrumpir en el gimnasio donde Julie está, antes de que se queme escapa. He-Man está buscando cerca y oye Julie en peligro. He-Man repele los ataques de las tropas de acompañamiento y ahora Julie, y Man-At-Arms y Teela perseguirán a los mercenarios a la distancia.
A su regreso a Grayskull, Skeletor está furioso por el fracaso de los mercenarios y mata a Saurod. A continuación, los envía de vuelta a la Tierra con una fuerza mayor bajo el mando de Evil-Lyn.
El detective aparece en la escena, Lubic, lleva a casa a Kevin para buscar a Julie. Por teléfono, Julie revela a Kevin la importancia de la llave cósmica, pero Lubic la confisca a Kevin, sospechando que sea robada. Julie, junto con He-Man y sus compañeros, se reunen con Kevin y luego proceden a luchar en la tienda de música, donde Lubic ha tomado la llave para el asesoramiento de expertos.
Lubic acusa a los guerreros de Eternia como los sospechosos de ser responsables del ataque en la escuela e intenta detenerlos, pero es interrumpido por la llegada de Evil-Lyn y sus tropas. Estalla una batalla, durante el cual Evil-Lyn, haciéndose pasar por la madre muerta de Julie, la convence para robar la llave. Julie adquiere la clave, que Evil-Lyn utiliza para abrir otra puerta por la que Skeletor llega a la Tierra.
He-Man se las arregla para recuperar la tecla de retroceso de Evil-Lyn, Skeletor, pero capta a sus amigos y amenaza con matar a todos, a menos de He-Man se rinda sin condiciones. He-Man se rinde y vuelve a Eternia de Skeletor, pero durante el curso de estos acontecimientos, Julie es fatalmente herido por la magia de Skeletor y la segunda llave está dañada. Gwildor intenta repararlo, pero dice que los tonos necesarios para volver a Eternia se ha borrado. Kevin, un músico aficionado, sin embargo, los recuerda, y utiliza un teclado para recrear los tonos y abrir un portal. Él es perseguido por Lubic, que sigue buscando detenerlo a él y a los Eternians.
En Eternia, Skeletor, tortura a He-Man, a fin de persuadirlo de que se arrodille ante él, pero He-Man se niega. Cuando el gran ojo se abre, Skeletor absorbe una cantidad enorme de energía del universo y se transforma en un guerrero con armadura de Dios. Sigue tratando a la fuerza de que He-Man le preste juramento de lealtad, pero es interrumpido por la llegada de los amigos de He-Man, Kevin y Lubic, que llegan a través de un portal que se las arreglaron para abrir. He-Man es liberado, y junto con sus amigos compromete las fuerzas de Skeletor en combate, durante la cual se rompe el personal de Skeletor, que le hace perder sus nuevos poderes. Skeletor sigue manteniendo una lucha con He-Man con su espada, pero como resultado de ello, es vencido por caer en un hoyo profundo.
Después de que la victoria del hombre, Julie es curada por el hada, y junto con Kevin, dice adiós antes de salir por una puerta a la Tierra. Cuando Julie se despierta en su cama, ella se encuentra a sus padres abajo, vivos y bien, a punto de tomar su vuelo fatídico. Julie les impide salir y encuentra a Kevin, que confirma sus experiencias compartidas no era un sueño, y tiene un recuerdo de Eternia: una azul, mármol esfera del tamaño que muestra la imagen de He-Man.
Después de los créditos, la cabeza de Skeletor sale de el líquido de color rosa en la parte inferior de la fosa que fue lanzado y dice “Volveré!”
He-man y los Masters del universo
