Rose y su esposo Christopher están consternados por su hija adoptiva Sharon, quien ha estado experimentando con varios farmacos y ha empezado a mostrar síntomas de sonambulismo. Cuando tiene sus pesadillas, la niña grita frecuentemente el nombre Silent Hill. Desesperada por encontrar respuestas, Rose lleva a Sharon al pueblo de Silent Hill, West Virginia, a pesar de la oposición de Christopher, pues Silent Hill tiene reputación de ser un pueblo fantasma, habiendo sido abandonado treinta años atrás. Rose llega al pueblo siendo perseguida por una oficial de policía que sospecha del comportamiento de la madre, que sufre un accidente en su todoterreno, y al despertar Sharon ha desaparecido.
Rose busca en las calles vacías del pueblo a su hija, pero sólo encuentra una serie de criaturas monstruosas y a una mujer en harapos llamada Dahlia Gillespie, quien habla de cosas terribles que sufrió su propia hija, Alessa, a manos de la gente de Silent Hill. Dahlia afirma que Sharon es en realidad su hija, y no la de Rose. Momentos después del encuentro con Dahlia, Rose se encuentra con la oficial de policía que la persiguió, Cybil Bennet, quien la arresta inmediatamente.
Al descubrir que el camino para salir del pueblo ha desaparecido misteriosamente, las dos mujeres son atacadas por una criatura deforme, y Rose escapa, aún esposada, hacia la escuela de Silent Hill, donde es atacada por más criaturas monstruosas, y finalmente Cybil la encuentra, le quita las esposas y decide trabajar con Rose para tratar de sobrevivir en el pueblo infernal.
Las escenas de la búsqueda de Rose por su hija son interpuestas por escenas de la propia búsqueda de Christopher por el pueblo tras enterarse del choque de su esposa, cuyo cuerpo no está en el vehículo. A pesar de los obstáculos puestos por el oficial Thomas Gucci, quien creció en Silent Hill, Christopher descubre documentos que muestran que el pueblo fue abandonado después de un terrible incendio 30 años atrás, junto con una foto de la hija de Dahlia, quien guarda un parecido increíble con Sharon. Christopher es arrestado por el oficial Gucci cuando irrumpe en un orfanato preguntando por Sharon y Alessa, y se le ordena detener su investigación de Silent Hill.
Mientras tanto, Rose y Cybil encuentran a otra persona en el pueblo, Anna, quien se conduce a sí misma como una persona religiosa. Anna las guía al único refugio para protegerse de los monstruos, la iglesia del pueblo. Antes de entrar, Anna observa a Dahlia y le lanza piedras, pero en esos momentos la oscuridad consume al pueblo y Pyramid Head, famosa criatura de la serie de videojuegos, asesina brutalmente a Anna. Dentro de la iglesia, las protagonistas descubren a los habitantes de Silent Hill, miembros de un culto religioso liderado por Christabella. Rose convence a Christabella de que su intención es encontrar al demonio tan temido por los miembros del culto, y ella la lleva a un hospital del pueblo, junto con Cybil. Allí, Christabella descubre el parecido entre Sharon y Alessa (a través de una foto de Sharon en el collar de Rose) y llama a Rose y Cybil brujas. Cybil es capturada y golpeada por otros habitantes del pueblo en un intento de permitirle a Rose escapar del culto y descender hasta el sótano del hospital. Rose finalmente encuentra a una persona gravemente quemada, Alessa, en una cama de hospital, y a una misteriosa niña muy parecida a Sharon. En un flashback extenso, Rose descubre que Silent Hill tiene una historia de rituales de caza de brujas, y que un intento de quemar viva a Alessa ya que por haber sido violada por el conserje de su escuela piensan que tiene algo maligno por haberlo provocado, hace 30 años desencadenó un incendio que destruyó al pueblo. A Rose se le dice que Sharon es una manifestación de lo que queda de la inocencia y bondad de Alessa, y que fue llevada al orfanato por la niña parecida a Sharon. Rose le pregunta a la niña quién es ella, y la respuesta que recibe es: “Yo tengo muchos nombres. En este momento, soy la parte oscura de Alessa”. Alessa oscura revela que Christabella intentará quemar viva a Sharon como bruja, y ella no puede entrar a la iglesia por sí sola. Para salvar a su hija, Rose acepta ayudar a Alessa oscura en una venganza final contra los fanáticos.
Rose entra a la iglesia luego de que Cybil es quemada viva por la gente del pueblo, y Sharon está a punto de sufrir una muerte similar. Rose confronta a los miembros del culto y a Christabella con lo que sabe, tratando de convencerlos de que ellos están negando su propio destino. Enojada por lo que ella considera ser herejía, Christabella apuñala a Rose. La sangre de Rose cae al suelo de la iglesia, abriendo un agujero inmenso en ella. Alessa adulta y su doppelgänger emergen del abismo y asesinan a Christabella y a los miembros del culto con inmensos tentáculos de alambre de espino, dejando a Dahlia como la única habitante de Silent Hill. Mientras la masacre toma lugar, Rose rescata a Sharon y la protege, aunque Sharon abre los ojos y observa a Alessa oscura acercándose a ella. Después de que la venganza termina Dahlia pregunta por qué Alessa no la mató, y Rose le responde con las palabras que le dijo Cybil en una ocasión: “Una madre es Dios para su hija”. Rose y su hija dejan Silent Hill y regresan a casa. Sin embargo, aunque Rose y Sharon/Alessa están en el mismo cuarto que Christopher, él no puede verlas, ni ellas a él. El mundo que ellas habitan está rodeado de niebla, ya que quedaron atrapadas en el mundo de Silent Hill.
Silent Hill
